吳昌崙大學畢業後，第一份工作是回到中山大學電機系擔任助教，在當年工學院院長黃廣志和電機系系主任李明逵的薰陶下，隔年進入成功大學電機工程研究所，專攻化合物半導體技術，順利取得碩士和博士學位。而後任教於吳鳳工商專校（現為吳鳯科技大學）電子科，學術上繼續和成大實驗室合作研究微波材料和元件技術，另一方面兼任行政主管，辦理教育部評鑑和升格技術學院等，也都全力以赴順利進展。